Mùi khó chịu có thể xuất phát từ những bất thường trong khoang miệng, khoang mũi, xoang, phổi, ống tiêu hóa hoặc khí thoát ra từ hệ thống tuần hoàn. Việc thăm khám để phát hiện nguồn gốc mùi được bắt đầu bằng cách bảo bệnh nhân mím môi và thở ra. Người khám, nếu phát hiện mùi ở lỗ mũi ngoài của bệnh nhân thì có thể xác định là mùi không xuất phát từ khoang miệng.
Chủng vi khuẩn yếm khí trên bề mặt lưỡi thường là nguyên nhân gây các chứng hôi miệng có nguồn gốc từ miệng. Lưỡi có thể là nguồn quan trọng gây chứng hôi miệng ở bệnh nhân có hay không có bệnh quanh răng. Nước bọt và sự chuyển động của lưỡi là sự bảo vệ tự nhiên chống lại sự phát triển của vi khuẩn. Khi ngủ hoặc bị ốm có thể làm giảm tạm thời sự bảo vệ này, và cả hai yếu tố này là nguyên nhân gây hôi miệng. Các thuốc làm giảm tiết nước bọt cũng có thể gây hôi miệng. Chải lưỡi, súc miệng và uống nước đầy đủ có tác dụng điều trị.
Bệnh nhân bị khối u hoặc u hạt ở mũi họng có thể bị hôi miệng. Bệnh nhân có cơ địa chảy máu cũng có thể bị hôi miệng do chảy máu lợi kín đáo và mùi hôi do chảy máu từ những răng bị sâu.
Mùi hôi ở miệng có thể có nguồn gốc từ phổi , khi các chất gây mùi hôi được tiết ra từ hệ thống tuần hoàn khi thở ra. Mùi hôi do khói thuốc lá, rượu, tỏi, hành, bệnh tăng ceton và urê huyết cũng thải ra mùi hôi. Áp xe phổi cũng có thể gây hôi miệng.
Các bệnh ở thực quản cùng với vị trí đóng bình thường của cơ thắt thực quản trên cũng có thể gây hôi miệng. Có ý kiến cho là viêm dạ dày do vi khuẩn Helicobacter pylori cũng gây hôi miệng.
